W maju 1999 roku rozpoczął się gruntowny remont organów kościoła św. Dominika, prowadzony przez organmistrza Olgierda Nowakowskiego z Zabrza. Jest to dobra okazja, żeby przypomnieć dzieje tego instrumentu, zbudowanego w 1933 roku przez słynnego organmistrza nyskiego Karola Berschdorfa. Historia organów w kościele św. Dominika sięga czasów jego powstania w II połowie XVIII wieku. Kościół był budowany w latach 1742 - 1788. Zapewne wyposażony został w instrument organowy krótko przed zakończeniem budowy świątyni, a więc około 1788 roku.

Były to organy - podobnie jak ołtarz i ambona - w stylu rokoko. W inwentarzu wyposażenia kościoła z 1837 roku, dołączonym do sprawozdania z wizytacji przeprowadzonej z polecenia biskupa wrocławskiego, instrument został określony jako prawie nowy, z jedną klawiaturą i 11 głosami grającymi. Wartość jego została oszacowana na około 6000 marek. Akta wizytacji z 1855 roku podają natomiast, że organy miały 12 rejestrów. Zapewne dyspozycja obejmowała 11 głosów grających i jeden łącznik; stąd ogólna liczba 12. I te organy służyły kościołowi najpierw klasztornemu dominikanów, a po 1810 roku (tj. po likwidacji dóbr klasztoru w ramach sekularyzacji dóbr kościelnych w państwie pruskim) filii parafii św. Jakuba będącej pod opieką duchowieństwa diecezjalnego. W latach 1932 - 1933 w tej świątyni (od 1915 roku parafialnej) został przeprowadzony remont kapitalny. Wtedy też zużyte już organy z około 1788 roku usunięto, a na ich miejsce pojawiły się nowe, zbudowane przez znaną nie tylko na Śląsku firmę organmistrzowską Berschdorfa. Zakład ten działał w Nysie w latach 1889 - 1945. Prowadził go najpierw Paweł Bersdorf, a od 1928 roku syn Karol. Dziełem firmy była budowa bądź prace remontowe przy około 150 instrumentach. Największe z nich (mające od 45 - 65 głosów) otrzymały kościoły i sale koncertowe w Bytomiu, Gliwicach, Katowicach, Siemianowicach Śląskich, Zabrzu Mikulczycach, Rudzie Śląskiej, Namysłowie, Opolu i Nysie oraz w innych miejscowościach. W samej Nysie firma zbudowała (i przebudowała) w latach 1902 - 1939 dziewięć instrumentów, z których II wojnę światową przetrwało 7, a do dziś zachowało się 6. Jednym z nich są organy w kościele św. Dominika. W porównaniu z poprzednimi, tymi z XVIII wieku, są nieco większe bo mają 2 manuały i pedały, 14 głosów grających, łączniki i inne urządzenia techniczne oraz tremolo. Cechuje je nowoczesność zarówno pod względem wyglądu zewnętrznego, jak i brzmienia oraz rozwiązań technicznych. Traktura ich jest pneumatyczna. Stanowią przekład nowej estetyki brzmienia, nawiązującej do tradycji baroku w budownictwie organowym. Ta nowa estetyka, po raz pierwszy skonkretyzowana w 1926 roku, przyjęta została przez Pawła Berschdorfa już w 1928 roku i od tego czasu stosowana powszechnie, m.in. w Nysie w kościele św. Dominika i kościele św. Franciszka z Asyżu (pokapucyńskim). W tym ostatnim organy zbudowała firma w 1939 roku. Nowe organy u św. Dominika wzbudziły zachwyt muzyka (instrumentalisty i dyrygenta), pedagoga i muzykologa nyskiego Józefa Thamma. W redagowanym przez siebie w Nysie czasopiśmie poświęconym muzyce kościelnej "Cacilia" zamieścił Thamm w 1933 roku artykuł pełen uznania dla tego instrumentu, opisując dokładnie jego budowę, brzmienie poszczególnych głosów oraz możliwości uzyskiwania różnych barw. W stanie niezmienionym instrument przetrwał do dzisiaj, ale jego miejsce w kościele św. Dominika w okresie powojennym było niepewne. W czasie pożaru kościoła św. Jakuba w Nysie w marcu 1945 roku spłonęły tamtejsze organy. Wobec tego parafia św. Jakuba zwróciła się w 1948 roku do Kurii Diecezjalnej w Opolu z prośbą o zgodę na wypożyczenie organów na dwa lata z kościoła św. Dominika. Tylko zdecydowany sprzeciw "rady parafialnej oraz całej parafii św. Dominika" uchronił organy przed ich utratą. Zresztą przeniesienie do olbrzymiej fary nyskiej byłoby całkiem chybione z uwagi na to, że brzmieniem swoim nie zdołałyby wypełnić tak wielkiej przestrzeni, co można było zauważyć w przypadku instrumentu pochodzącego z Gródka Jagiellońskiego, zainstalowanego później w kościele św. Jakuba i służącego mu prawie do 1970 roku. Organy kościoła św. Dominika przeszły po wojnie kilka remontów. Pierwszy przeprowadził w 1952 roku organmistrz J. Ludwig z Rybnika. Zakończenie remontu było dobrą okazja, żeby zorganizować koncert w wykonaniu organisty wirtuoza, który zaprezentowałby w pełni ich walory brzmieniowe, na co dzień podczas nabożeństw nie wykorzystywane. 24 października 1999 roku o godzinie 16.00 nastąpiło poświęcenie organów przez księdza biskupa Jana Bagińskiego. Odbył się koncert organowy w wykonaniu pana Bogdana Trutego (organisty kościoła pw. św. Jakuba i Agnieszki w Nysie). Program koncertu przebiegał następująco:
- J. S. BACH - TOCCATA I FUGA d-moll - CHORAŁ "WACHET AUF, RUFT UNS DIE STIME" - CHORAŁ "NUN KOMM DER HEIDEN HEILAND" - CHORAŁ "HERR CHRIST, DER SINICE SOHN"
- D. BUXTEHUDE - MAGNIFICAT; CHORAŁ "IN DULCI JUBILO";
- G.F. HAENDEL - PIERWSZA CZĘŚĆ KONCERTU ORGANOWEGO f - dur;
- F. SCHUBERT - AVE MARIA.

W 70-cio letniej historii instrumentu wybudowanego przez nyskiego organmistrza Carla Berschdorfa zostały przeprowadzone dwa generalne remonty. Pierwszy remont odbył się w roku 1955 natomiast drugi remont został przeprowadzony od maja do października 1999 r.

Przeprowadzenie remontu było możliwe dzięki decyzji ks. proboszcza Tadeusza Bartoszewskiego oraz wielkiej ofiarności parafian.

W trakcie remontu dokonano m.in. wymiany klawiatury pedałowej, która była mocno zniszczona przez korniki. Całe organy zostały dokładnie wyczyszczone i poddane zostały zabiegowi odrobaczenia.Zostały też uzupełnione braki w piszczałkach, bowiem brak było 9 - ciu piszczałek, a trzy nie nadawały się do użytku. Wymieniono również nakładki klawiszy i tabliczki rejestrowe. Dokonano wymiany dużej ilości części drewnianych. Po tych pracach piszczałki zostały zintonowane i nastrojone.(piszczałek w naszych organach jest 1312). Dzięki temu po latach organy znowu ukazały piękno swego brzmienia.

Remont wykonał z wielkim pietyzmem i zegarmistrzowską precyzją p. mgr inż. Olgierd Nowakowski z Zabrza.

Po remoncie dnia 24.X 1999 r. poświęcenia organów dokonał w czasie nabożeństwa różańcowego ks. biskup Jan Bagiński.

Po nabożeństwie odbył się koncert muzyki organowej. Wykonawcą był organista kościoła św. Jakuba w Nysie p. Bogdan Truty.

Dyspozycja organów w kościele
pod wezwaniem św. Dominika w Nysie

Manuał I C - g = 56 klawiszy 56 dźwięków

1. PRINCIPAL 8' 36 piszczałek cynkowych, 20 cynowych
2. FLOTE 8' 29 piszczałek drewnianych, 27 cynowych
3. SALICET 8' 24 piszczałki cynkowych, 32 cynowych
4. OCTAVE 4' 20 piszczałek cynkowych, 36 cynowych
5. MIXTUR 3-4 rzędowa 36 piszczałek cynkowych, 168 cynowych Manuał II C - g = 56 klawiszy, 56 dźwięków
6. QUINTADE 16' 68 piszczałek drewnianych
7. SCHALMEY 8' 33 piszczałki cynkowe, 35 cynowych
8. GEDECKT 8' 22 piszczałki drewniane, 18 cynkowych, 28 cynowych
9. AEOLINE 8' 24 piszczałki cynkowe, 44 cynowe
10. GEMSHORN 4' 22 piszczałki cynkowe, 46 cynowych
11. NACHTHORN 2' 12 piszczałek cynkowych, 56 cynowych
12. CYMBEL 2-3 rzędowy 232 piszczałki cynowe Pedał C - f = 30 klawiszy
13. SUBBAS 16' 30 piszczałek drewnianych
14. VIOLONCELLO 8' 30 piszczałek cynkowych
Kopulacje i pomoce
1. Łacznik II/I
2. Łącznik II/I super
3. Łącznik II/I sub
4. II man. Super
5. Pedał - I
6. Pedał - II
7. Mezzoforte
8. Fortissimo
9. Wyłącznik
10. Wyłącznik kopulacji
11. Automatyczny pedał
12. Żaluzja II man.
13. Tremolo
14. Kontrola powietrza
15. Przywołania kalikanta(dzwonek)
16. Wskaźnik otwarcia żaluzji

Drugi manuał umieszczony jest w szafie ekspresyjnej. Obsługa pedałem nożnym Crescendo obsługiwane wałkiem. W kontuarze znajdują się wskaźniki otwarcia szafy ekspresyjnej jak i crescenda. Włączniki - MF , FF , AUTOMATYCZNY WYŁĄCZNIK PEDAŁU , TREMOLO , WŁĄCZNIK KOPULACJI . Traktura pneumatyczna - upustowa, membrany leżące. Prospektowe piszczałki grające, oprócz siedmiu piszczałek miedzianych (atrapa).